2024实验室自建肿瘤全景变异检测性能确认专家共识要点（全文）.docx

2024实验室自建肿瘤全景变异检测性能确认专家共识要点（全文）摘要实验室自建检测对于医疗机构开展未经国家药品监督管理局审批且急需满足临床实践需求的检测具有重要意义。随着近年来肿瘤精准医学的发展，全景变异检测（CGP）已经成为肿病患者精准分子分型、靶向治疗、免疫治疗生物标志物等检测的重婴手段和方法，但其在医疗机构开展自建检测的标准与应用规范尚缺乏统一的认识与共识。中国抗癌协会肿痛病理专业委员会分子病理协作组联合中华医学会病理学分会分子病理学组发起了医疗机构开展CGP二代测序（NGS）检测性能确认相关规范中国专家共识，结合中国临床实践，参考国内外文献，从实验室自建的背景、性能确认的场景、评估指标与变异能围，性能确认覆盖的样本类型、数成、临床性能与药效判定，性能确认的场地、人员、质控、室间质评与文档管理等方面进行评述,经专家组讨论并形成12条专家共识，为中国医疗机构开展肿瘤CGPNGS检测的性能确认和临床应用提供参考，以促进医疗机构自建检测应用的发展。【关辘词】恶性肿痛；实族室自建检测；肿瘤全景变异检测；性能确认；二代测序随着精准医疗概念的提出，肿瘤精准治疗新方案的不断涌现，新技术和新项目层出不穷，对肿相分子病理检测提出更多挑战。传统体外诊断产储由于审批流程复杂，无法完全满足快速发展的临床检测需求。2021年国务院发布医疗器械监督管理条例(国务院令第739号)第53条指出，对国内尚无同品种产品上市的体外诊断试剂，符合条件的医疗机构根据本单位的临床需要，可以自行研制，在执业医师指导下在本单位内使用。该条文的提出，对于尚未获得国家药品监督管理局(Nationa1.Medica1.ProductsAdministration,NMPA)批准上市、无同类同种产品的体外诊断试剂的实险室自行研发以及在符合资质的实睑室开展相应检测提供了政策支持C美国在1976年首次提出对实验室自建检测项目/试剂(1.aboratorydeve1.opedtest,1.DT)采用实验室自我管理模式，1988年美国国会通过了临床实验室改进修正法案(c1.inica1.1.aboratoryimprovementamendments,C1.IA),明确允许临床实验室按照C1.1.A要求，发展实验室内部的1.DT。我国在2000年医疗器械监督管理条例(国务院令第276号)第十条规定中提出，医疗机构根据本单位的临床体耍，可以研制医疗器械，在执业医师指导下在本单位使用。尽管2014年医疗器械监督管理条例(国务院令第650号)及后续版本均删除了该条款，但并没有明确禁止医疗机构自制医疗器械。基于目前自研试剂的开发和检测的背景，不论何种场景均需要展开技术性能确认工作，保证整套H研试剂与检测流程与方法学的各项性能参数指标。当前，国内各地正在积极尝试推动实验室自建自研体外诊断试剂的试点工作，如2023年1月，NMPA综合司、国家卫生健康委员会办公厅联合印发关于开展医疗机构自行研制使用体外诊断试剂试点工作的通知,相关试点医院可根据本单位临床需求，自行研制、使用国内尚无同品种产品上市的体外诊断试剂，并在执业医师指导下在本医院内使用。2023年3月上海市药品监督管理局和上海市卫生健康委员会制定了上海市医疗机构自行研制使用体外诊断试剂试点方案，经报NMPA同意，决定在上海的4家医疗机构开展自行研制使用体外诊断试剂试点。上述最新的医疗机构自建检测和自研试剂的试点方案为我国医疗机构开展自研试剂与自建检测提供了系统的指导性原则与方案。考虑到肿瘤精准检测与治疗的豆杂性以及肿瘤分子标志物日新月异的检测需求，多篇国内外指南和临床实践推荐晚期肿瘤患者开展全景变异检测的二代测序(COmPrehenSiVegenomicprofi1.ingnextgenerationsequencing,CGPNGS)检测。CGPNGS一般覆盖多达几百个肿痛相关基因的全部外显子区域，检测常见基因变异类型，包括点突变(sing1.enuc1.eotidevariant,SNV)、插入缺失(insertion/de1.etion,Inde1.)拷贝数变异(COPynUmberVariatiOn,CNV)和基因重排。同时，CGPNGS检测也包含重要的疾病疗效预测/预后相关生物标志物,如肿瘤突变负荷(tumormutationburden,TMB)、微卫星不稳定性(microsate1.1.iteinstabi1.ity,MSI)状态、同源重组修复缺陷(homo1.ogousrecombinationdeficiency,HRD)等。与传统单基因检测方法如荧光原位杂交、聚合前链反应（PO1.ymeraSechainreaction,PCR）、一代测序（Sanger测序）或靶向NGS小Pane1.相比，CGPNGS通过平行检测更多标志物，节省了临床样本、检测时间和检测成本，最大程度满足晚期或显发肿瘤患者的精准诊疗检测需求。近年来，CGPNGS检测逐渐被行业和监管机构认可，肿病CGPNGS检测产#在国内的注册也备受关注。尽管目前我国CGPNGS检测仍存在院外中心实验室送检的模式，但医疗机构自行开展肿瘤CGPNGS检测必将成为未来的趋势。相比院外检测，在医院内开展肿瘤CGPNGS检测具方以下优势：（1）强监管，医院严格的质量管理体系以及公益性能确保结果的准确性，以及临床样本和数据的安全性；（2）更快的报告时间，结合临床病史实现肿痛治疗快速决策；（3）有利于人才队伍建设和科研成果转化，能够加强病理科对技术和数据的完整运用，同时可以促进多科室之间更快捷、深入的交流.我国医疗机构开展的CGPNGS检测在要包括2大类，分别是“未经NMPA批准的商品化试剂盒”和“实验室自行设计研制的NGS检测”,其中商品化试剂盒的检测模式;在医疗机构实验室应用较为广泛。在实验室开展常规CGPNGS检测前，进行产品的性能确认是一个必不可少的步骤.与获批的体外诊断试剂开展的性能险证不同，针对实验室自建自研检测或未获得NMPA体外诊断批准的商船化试剂盒的性能确认，需要在正式开展检测前完成检测流程确认，明确质控标准，建立标准操作程序(Standardoperatingprocedure,SOP),并且在仪器或关键试剂更换、检测样品类型变化时重新进行性能确认。在我国医疗机构开展CGPNGS的性能确认主要针对目前肿痛分子检测临床实践中重点关注的问题，如犯向药治疗靶点检测、免疫治疗的疗效预测指标如TMB、MSI,PARP抑制剂治疗疗效预测指标HRD等，针对以上检测的变异位点与生物标志物指标，在实验室自研自建检测体系的性能确认过程中应针对代表性变异位点以及生物标志物(如TMB)等展开技术性能确认，通过精准度、准确性、敏感性、特异性等指标评估CGPNGS的性能参数，确保临床检测实践开展的准确性等临床性能指标。虽然欧美等国家已经提供了较丰富的实验室自建检测相关的指南和建议,但我国临床检测的实际情况与欧美国家存在诸多不同。我国的CGPNGS检测对医院病理科有更高的要求，包括场地、人员、操作流程等.尽管部分医院已各自积累了丰富的CGPNGS实践经验,然而CGPNGS检测仍急需相关总结并规范，从而发挥示范指导效应。基于上述背景，由中国抗癌协会肿痛病理专业委员会分子病理协作组联合中华医学会痛理学分会分子病理学组发起了我国医疗机构开展CGPNGS检测的性能确认项目C本项目将重点关注我国医疗机构实验室自建CGPNGS检测的性能确认，提出相关专家建议以及推荐的技术方案。建议和方案应在保证严漫的前提下，具有现实指导性、可执行和可复制性（项目成本投入和周期可控）。本建议围绕覆盖范围更全面的CGPNGS检测项目，对其他肿相进行NGS检测，如实验室H建热点NGS检测等也具彳参考借鉴价值。对于目前尚未获得NMPA批准上市的NGS中、小Pane1,除了复杂基因组生物标志物如TMB、MSI、HRD等，该技术性能确认专家共识从场地、人员、评估指标、变异范围（常见变异类型）和样本类型要求、质控与室间质评以及记录文档要求等方面均提供了重要的参考价值，医疗机构实验室可参考本共识中提供的专家建议开展中、小Pane1.的性能确认C本项目不包含医疗机构CGPNGS开展的管理体系建立、如何选择或建V：CGPNGSPane1.、临床应用疗效性和特定标志物阈值的建匕。一、性能确认的场景、评估指标与变异范围（一）性能确认的场景在实鼎室初步确定初始检测条件并建立分析流程后，需要对CGPNGS检测项目进行性能确认，性能确认方案应在积累性能确认数据之前完成，开发、优化和熟悉过程中收集的数据不可作为性能确认数据的一部分。但这些数据可用于评估测试性能，从而设定可接受的性能标准，并确定样本的数啾和类型。性能确认方案应从明确的预期用途开始，决定所需的样本类型和性能指标特征。在性能确认开始前,性能确认方案需得到实验室负贡人的批准。针对实验室自研或未获得NMPA批准的商品化体外诊断试剂盒，在正式开展检测前完成确认流程，明确质控标准，建立SOP,并在仪器或关键试剂更换、检测样品类型变化时，应重新进行性能确认C对已获得NMPA批准，但实验室进行了修改的NGS检测产品，在开展常规检测前，也应进行性能确认。共识意见1未经NMPA批准的商品化CGPNGS检测、实验室自行研发的CGPNGS检测，在开展常规检测前应进行性能确认。（二）性能确认覆盖的变异他围和指标CGPNGSPanC1.通常可检测包括SNV、IndC1、CNV.基因重排在内的多种基因变异类型C因此，在设计CGPNGSPane1.时，需充分了解该NGSPanCI的预期临床用途，必于预期临床用途对CGPNGSPane1.进行性能确认。性能确认覆盖的基因变异类型与范曲应包括遗传特征明确且将用于临床检测的样本如石蜡包埋（forma1.in-fixedandparrffin-embedded,FFPE）样本、血液、胸水、脑脊液、骨髓等1.应搂盖常见变异类型（SNV、IndC1、CNV.基因重排）中的代表性变异位点。根据美国临床实验室改进修正案的监管要求，未经美国食拈药品监督管理局（FoodandDrugAdministration,FDA）批准的实验室自建检测必须考虑准确性、精密度（重且性和重现性）、报告范件I、参考范第（正常范围）、分析敏感性（检测限或定量限）、分析特异性（干扰物质）和任何其他相关参数（如残留物）。尽管各种指导文件定义了上述分析性能特征，但准确性的定义尚需细化，以便更好地满足NGS体细胞变异分析的需要。因此，建议用阳性符合率（PerCentPOSitiVeagreement,PPA）和阳性预测值（ositivercdictiveva1.ue,PPV）表示准确性。CGPNGSPane1.的性能确认应包含整体的性能确认方案，包括样本类型和数盘、PPA和PPV、基因变异检测的重现性和重复性、检测限、干扰物质、生物信息分析流程的性能确认和其他参数等C性能确认主要指标的定义与公式如下：1 .准确性：是指测定结果和真实结果的一致性程度,NGS检测的准确性定义是指测定检出的序列与参考序列的一致性程度。建议用PPA和PPV表示。2 .精密度：是指同一样本在多次实验中结果的一致程度，包括重复性和用:现性"重复性是指在同一条件下（相向环境、相同操作人员、相同检测流程、相同仪器）多次测量同序列，测定结果的致程度。重现性是指由不同操作人员、不同仪器（相同型号）进行同一序列测量结果的一致性程度。精密度的计算方式为事件/样本数或的平均值和方差，并通过样本量和上机数量进行聚合。3 .分析敏感性：是指对阳性样本检测结果为阳性的比例CNGS检测的敏感性定义是指对变异位点的检测结果为阳性的比例。4 .分析特异性：是指种检测方法仅对样本中的待测物质反应，而与其他物质不发生反应的能力。NGS检测的特异性定义是指对没有变异位点检测结果为阴性的比