Amber 教程.docx
(IGB=5)具体可以参考AMBER用户手册的GB模型一举。在论文中，他们没有运用特别的GB模型，这是因为在那时AMBER程序中只右IGB=I这个设定可用。为了使我们的教程尽可能接近文献报道，我们也运用IGB=I的设定。由于1.eap默认的设定就是IGB=I,所以我们无需特地对此作出设定。论文中还声明他们运用了FF99力场，这与我们之前设定的是一样的，但是他们的立场有改进的phi/psi二面角参数，这是对FF99立场中phi/psi二面角参数的一-种校正，可以更好的模拟蛋白质中alpha螺旋的结构。为了更好地重复文献中的工作，我们须要建立一个包含上述修正的参数文件。但是比较麻烦的是，文献中并没有明确给出那些参数做了如何的变更，仅仅给出了-个修正后的parm99.dat文件.出现这种状况的缘由我认为可能是AMBER6本身不带FF99力场，在当时存在许多不同的版本，文献的作者为了让人们了解他们运用的是官方版本的FF99力场所以在论文中展示了Parm99.dat文件。但很不幸，ACS以PDF文件格式给出了这个文件，这使得我们很难干脆运用这个文件。幸运的是，在AMBER8版本中，给出了这个修正的力场，位于下述路径：SAMBERHOMEdatleapparmasfrcmod.mod_phipsi.1.下面我也列出了文件的内容，以备时常：fromSimmcrling,Strockbine,Roitberg,JACS124:11258,2002.Modifiesparm99.MASSBONDANG1.DIHEDRA1.N-CT-C-N10.700180.000-1.N-CT-C-N11.100180.0002.C-N-CT-C11.0000.0001.NONB如你所见，只有三个二面角参数发生了变更，所以我们只须要打开X1.EaP,读取这个文件，其中的参数就会自动覆盖原有的参数假如现在你已经关闭了周内被截断了，所以在没有运用PME方法的状况K最好要将截断值尽可能设大。须要提示的是，模拟的耗时是与截断值的平方成正比的，(参见教程一的节)所幸我们模拟的体系特别小，足够承受没有截断值(CUt=999)的计算。基于同样的原理我们将rgbmax也设置为999埃，这个参数限制了在计算非犍相互作用过程中列用于计算有效波恩半径的粒子对的最远间距。这个值设定的越大，计算的结果就越好，当然也就须要花费越多的计算时间。考虑到我们面对的体系只有2。个氟基酸残基我们可以把全部的粒子都纳入到有效波恩半径中来，所以我们设定的rgbmax远远大F计算的尺度0.卜面起先运行优化过程：SAMBERHOMEexesander-O-imini.in-omin!.out-pTC5b.prmto-cTC5b.inpcrd-rmini.rstInputFiles:TC5b.prmtop,TC5b.inpcrd,mini.inOutputFiles:mini.out,minl.rst在16个1.3GHzCPU的SGIAltix上这个过程须要3.5秒完成为了直观的比较优化前后的结构，我们生成一个Pdb文件：SAMBERHOME/exe/ambpdb-pTC5b.prmtop<minl.rst>minl.pdb将优化前后的两个文件打开(minipdbandTC5binear.pdb)你可以选择任何可用的显示软件，比如VMD起始结构用蓝色显示，优化后的结构用黄色显示。如你所见，优化过程并未造成主链结构太大的变更但是色氨酸和酪氨酸残基发生了比较明显的移动，这些能玷热点其次阶段-10,000步，步长0.5fs（共5ps）,结束温度100.0K,温度糊合系数1.0ps第三阶段-10,000步，步长05fs（共5ps）,结束温度150.0K,温度期合系数1.0ps第四阶段10,000步,步长0.5fs（共5ps）,结束温度200.0K,温度耦合系数1.0ps第五阶段-10,000步，步长05fs供5ps）,结束温度250.0K,温度期合系数1.0ps第六阶段-IOQOO步，步长05fs供5ps）,结束温度300.0K,温度摘合系数1.0ps第七阶段-40,000步，步长0.5fs供20ps）,结束温度325.0K,温度描合系数1.0ps下面是第一阶段的输入文件：heatl.inStage1heatingofTC5b0to50K&cntrlimin=0,irest=O,ntx=l,nstlim三10000,dt-0.0005,ntc=2,ntf=2,ntt-l,tautp-1.0,tempi=0.0,temp0=50.0,ntpr-50fntwx-50fntb=O,igb=1,cut-999.,rgbmax-999./其他六个阶段的输入文件与之特别接近，只须要变更二下相应的温度就可以了，可以从今处IC载现成的输入文件：（heat2.in,heat3.in,heat4.in,heat5.in,heat6.in,heat7.in）.下面是一个运行升温模拟的PBS脚本，你也可以依据你的系统臼己写一个脚本。#PBS-1ncpus=16#PBS-1WalItime=500:00:00sander-O-iheat2.in-pTC5b.prmtop-cheatl.rst-rheat2.rst-oheat2.out-xheat2.mdcrdgzip-9heat2.mdcrdsander-O-iheat3.in-pTC5b.prmtop-cheat2.rst-rheat3.rst-oheat3.out-xheat3.mdcrdgzip-9heat3.mdcrdsander-O-iheat4.in-pTC5b.prmtop-cheat3.rst-rheat4.rst-oheat4.out-xheat4.mdcrdgzip-9heat4.mdcrdsander-O-iheat5.in-pTC5b.prmtop-cheat4.rst-rheat5.rst-oheat5.out-xheat5.mdcrdgzip-9heat5.mdcrdsander-O-iheat6.in-pTC5b.prmtop-cheat5.rst-rheat6.rst-oheat6.out-xheat6.mdcrdgzip-9heat6.mdcrdsander-O-iheat7.in-pTC5b.prmtop-cheat6.rst-rheat7.rst-oheat7.out-xheat7.mdcrdgzip-9heat7.mdcrdmkdirinitial-heatingcpheat1.outinitial_heatingcheat2,outinitialeatingcpheat3.outinitial-heatingcpheat4,outinitial_heatingcpheat5.outinitial-heatingcpheat6.outinitia1.heatingcpheat7.outinitial-heatingcpheatl.mdcrd.gzinitial_heatingcpheat2.mdcrd.gzinitial_heatingcpheat3,mdcrd.gzinitial_heatingcpheat4.mdcrd.gzinitial_heatingcpheat5,mdcrd.gzinitial_heatingcpheat6.mdcrd.gzinitial-heatingcpheat7.mdcrd.gzinitial_heatingsetenvAMBERHOME/usrpeople/rcwamber9cd-rcwproductionmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cheat7.rst-requill.rst-oequill.out-xequill.mdcrdgzip-9cquill.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- ccquill.rst-rcquil2.rst-ocquil2.out-xequil2.mdcrdgzip-9equil2.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequi12.rst-requil3.rst-oequil3.out-xequil3.mdcrdgzip-9cquil3.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- ccquil3.rst-requil4.rst-oequil4.out-xequil4.mdcrdgzip-9equil4.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOMEcxesander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequi14.rst-requil5.rst-oequil5.out-xequil5.mdcrdgzip-9cquil5.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequil5.rst-requil6.rst-oequil6.oul-xequil6.mdcrdgzip-9equi!6.mdcrdmpirun-n16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequil6.rst-requil7.rst-oequil7.out-xequil7.mdcrdgzip-9equil7.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequil7.rst-requil8.rst-oe<uil8.out-xequil8.mdcrdgzip-9equi!8.mdcrdmpirun-n16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequil8.rst-requil9.rst-oequil9.out-xequil9.mdcrdgzip-9equil9.mdcrdmpirun-np16SAMBERHOME/exe/sander-O-iequil.in-pTC5b.prmtop- cequi!9.rst-requill.rst-oequillO.out-xequil10.mdcrdgzip-9equil10.mdcrdecho"DONE"SiI升温相的温度结果正如我们所愿，温度特别年缓地在万25K瓦边波动，升温相也显示旃缓的上升，没有突然的跃升。下面我们来看能域的状况，我们最感爱好的是势能，我们可以找到势能最低的构像，把它作为标准的折叠模式，然后乂可以得到一条RMSd的曲线总能量（黑色），势能（红色），动能（绿色）看起来还不错，动旋的曲线特别平滑，这从今前的温度曲线可以预料出来，因为温度与动能是r脆相关的，所以温度稳定，动能也确定稳定。最初总能成和势能呈现削减的趋势，最终也趋于稳定，这表明我们的体系从最初的相对不稳定的状态折度成一个稳定的状态，从图上我们能够比较明显地看到势能的衰减。我们也可以做一个每IoPS取平均值的曲线，那样的话，势能衰减的趋势更简洁看出来。要留意的是
