pymol教程.docx
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1、PYMO1.用户指南书目一、鼠标操作入门5这个数字是号留圾CD1 .启动5D通过鼠标52)通过吩咐行52 .PyMO1.窗口61)Virewer胸口62)外部GUl窗口73 .下载PDB文件84 .操控视图9D基本鼠标限制92)虚拟滚动球旋转103)移动裁面114)变更旋转中心点125)简洁回顾12二、吩咐行操作入门131 .记录结果132 .载入数据133,操控对象(ObjeCt)141)原子选择162)对象和选择的着色183对象和选择的onoffl94 .变更视点205 .保存工作21D脚本和日志文件212)图像文件223)会话文件236 .吩咐行快捷键231)用TAB键完成吩咐232用T
2、AB健完成文件名243)自动推理247 .其他吩咐和帮助25注:页面背处和页脚的图像分别是IGCI、IIID的CarWon显示三、吩咐句法和原子选择251 .语法25D选择表达262)原子选择命名263)单字选择符4属性选择符305)选择代数336)宏指令362 .从PyMo1.中读取Python38四卡通表示391 .背景39D可达性392)美化和精确402 .定制化43D卡通类型432)精致螺旋463 .二级结构归属47五、光线追踪481 .肃要设置492 .保存图片50六、立体效果511 .支持的立体模式512 .制作立体图片513 .相关吩咐51七、动画521 .概念522 .重要吩咐
3、531) 1.oad2) Mset3) Mdo4Mmatrix3 .简洁举例554 .困难举例555 .搐览ray-traced动画图片551) CacheJrames2) mclear6.保存动画56八、高级鼠标眼制571. 选择原子和键572wpkw原子选择的应用举例583 .“1b”和“rb”选择584 .构象编辑59九、晶体应用591.晶体对称性591) 1.oad2) Symexp2.电子密度图601) 1.oad2) Isomesh和isodot范编图形对象(CGO)和Molscriptribbons611 .简介612 .Molscriptribbons621)1.oad2)Us
4、ingMolscript4.CGO参考64/本教程以上Wusersgu/de为蓝本翻译而来,并引用其他资料。,本教程只介绍3yMO1.在windows系统卜的应用,本教程以edul1版本的PyMo1.为准,大硬盘中有此软件而没仃深化讲解本教程是PyMO1.的入口教材,故相关问题只是简洁:,如你有疑问者深化探讨,可通过输入吩咐help,查PyMO1.吩咐,陆PyMO1.wiki()询问他人等途径解决疑难教程极少的吩咐可能在你的PyMO1.上运行不了,大多是版本问许问水平力限,可能,不、甚至i误之处,敬请指正!,教程不断更新,新版以文件,和页眉的日期为准.一、鼠标操作入门打开起先菜单,在程序或全部
5、程序中找到PyMO1.并单击。在WindOWS下,打开文件和脚本有多种吩咐选项。窗口,全部的3D图形在此展示,并且用户可干脆操纵这些图形。MouseMatrix关NamesPane/IndicatorPyMo1.的VieWer曲口和内部GUl(默认)窗口内右边的内部GUl可运用户对特定对象(object)和特定原子选择(atomselection留意:原子选择是用户选择了的原子、残基、施、片段、对象等等,Wobject而言)进行操作。从上到下,内部GUl包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR(动画限制窗口底部还有一个附咐输入区。在VieWer窗口也能查看PyMO1.的文本输出(
6、textoutput),任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。VieWer完全可以自己运行,它拥有PyMO1.核心系统的全部功能。假如想这样的话,完全可去除吩咐和内部GU1.通过标准菜单和限制,很多任务能更简洁高效的完成。在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。载入Pdb文件后的PyMo1.4.操控视图在PyMo1.中,鼠标是主要的限制设备,键盘的修饰按健(SHIFT,CTR1.,SHFIT+CTR1.)在调整按钮操作时运用。为有效运用PyMO1.,建议选择带有三个按键的鼠标。鼠标的滚动轮的可当做中键运用。下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能:键盘鼠标左键中健右键旋转图像(
7、虚拟滚动球rotate)在XY上移动图像(translate平W在Z上移动图像(zoom变焦)Shift移动裁面CtrlShift+Ctrl回到旋转起始虚拟滚动球虚拟滚动球如同在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时,似乎你的手指按在r球上进行相像的操作。假如在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转;在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。面是在分子前后想象中的,F面。豉面外的分子部分将会被切除,从而显示出内部在困旌或大分f中截面特别存用。ClippingPlanesaFronthitheryon事面示意图(hither这边的近处的,yon那边的远处的)PYMo1.的截面限制须要鼠标和键盘结合,
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